Les zones éligibles du programme ALCOTRA sont les suivantes
Pour l’Italie :
- Région Autonome Vallée d’Aoste
- Provinces de Turin et de Cuneo (Région Piémont)
- Province d'Imperia (Région Ligurie)
Pour la France :
- Départements de Haute-Savoie et de Savoie (Région AUVERGNE-RHONE-ALPES)
- Départements des Hautes-Alpes, des Alpes de Haute-Provence et des Alpes-Maritimes (Région Provence-Alpes-Côte d'Azur)