Le zone ammissibili del programma ALCOTRA sono le seguenti
Per l'Italia:
- Regione Autonoma Valle d'Aosta
- Province di Torino e Cuneo (Regione Piemonte)
- Provincia di Imperia (Regione Liguria)
Per la Francia:
- Dipartimenti dell'Alta Savoia e della Savoia (Regione AUVERGNE-RHONE-ALPES)
- Dipartimenti delle Alte Alpi, delle Alpi dell'Alta Provenza e delle Alpi Marittime (Regione Provenza-Alpi-Costa Azzurra)