Un partenaire ayant son siège social en dehors de la zone du programme, mais dont le siège opérationnel se trouve sur le territoire admissible est un sujet recevable?

Oui, il s’agit de sujets admissibles. Si le siège légal du partenaire est en dehors de la zone, celui-ci peut participer en tant que partenaires.
Cf. DOMO §8.2.5 «La localisation des partenaires», le chef de file doit être situé dans la zone transfrontalière éligible NUTS III et les autres partenaires, seront situés dans d'autres territoires de l'Union européenne à condition qu'il est difficile d'atteindre les objectifs du projet sans leur participation et que les avantages tombent sur le territoire couvert par le programme.
Si le partenaire souhaite participer par le biais de son siège, dotée de personnalité / capacité juridique et situé dans la zone éligible, pourrait assumer le rôle de chef de file.